京都で起こった大学教授の転落死を皮切りに、世界中で同様の科学者たちの転落死が連続発生する。だが、殺人の物的証拠は見つからず、各地で自殺として処理されようとしていた。榊マリコをはじめとする科学捜査研究所のスペシャリストたちと土門刑事、解剖医の風丘教授らは、転落中の科学者が発していた「助けて」という声に違和感を持ち、捜査を進めていた。そして、人間の腸内にある「未知の細菌」を発見し、世界的に脚光を集める天才科学者・加賀野亘にたどりつく。だが、加賀野には鉄壁のアリバイがあった。究極の決断を迫られたマリコが、最後にとった行動とは。1999年放送開始の人気ドラマ「科捜研の女」シリーズが、集大成として待望の映画化を迎えます。最新の科学捜査と濃密な人間ドラマの絡み合いに引き込まれます。